Значительную известность получил главный труд Филарета «История Русской Церкви» (доведённый до 1826 года), вышедший в пяти выпусках в Риге и в Москве в 1847-1848 и выдержавший множество переизданий. Автор предложил принципиально новую периодизацию русской церковной истории, разделив её на пять периодов: от начала христианства в России до нашествия монголов (988-1237), от нашествия монголов до разделения русской митрополии (1237-1410), от разделения митрополии до учреждения патриаршества (1410-1588), период Патриаршества (1589-1720), синодальное управление (1721-1826). В сокращённом виде он впервые был издан в 1859 и потом, как учебник, выдержал множество переизданий.Архиепископ Филарет разделяет церковную историю России на пять периодов:1) от начала христианства в России до нашествия монголов (988-1237),2) от нашествия монголов до разделения русской митрополии (1237-1410),3) от разделения митрополии до учреждения Патриаршества (1410-1588),4) период Патриаршества (1589-1720),5) синодальное управление (1721-1826).В конце каждого выпуска был алфавитный указатель замечательных лиц и предметов - нововведение, которое не было общепринятым в русских научных сочинениях до самого конца XIX века.Изложение в пределах каждого периода охватывает: распространение христианства, церковное учение и богослужение, церковное управление, жизнь христианского общества (включая монастыри и церковный раскол). В «Истории» Филарета находится масса сведений и мелких подробностей, отчасти из рукописных источников. Воспроизведено в оригинальной авторской орфографии издания 1848 года (издательство "Типография В. Готье").
